L’église Saint Denis, ancienne chapelle conventuelle, est la troisième église connue d’Alix.
Une église existait sous le vocable de St Laurent. Le plus ancien document connu sur cette église date de 1229.
Une deuxième église, construite en 1512 par Bertrand Henriet, dont le choeur était orienté à l’est, était sous le vocable de St Antoine. Il y avait deux clochers, et deux parties distinctes « séparées par un muret divisant la chapelle conventuelle de la chapelle des fidèles… »
Une troisième église, chapelle conventuelle du Chapitre Noble des Chanoinesses-Comtesses d’Alix est construite en 1768 par l’architecte Marin Décrénice. Elle est en partie reconstruite sur l’ancienne, dans un style dit néo-classique, s’inspirant des éléments architecturaux de la Grèce antique.
La première pierre est posée par Louise de Muzy de Véronin, alors prieure du chapitre, au nom de sa Majesté Louis XV, le 21 juin 1768. Une plaque au-dessus de la porte de l’église porte l’inscription suivante :
“A LA GLOIRE DE DIEU CETTE EGLISE A ETE ELEVEE PAR LES BIENFAITS DE LOUIS XV LE BIEN AIME OBTENUS PAR DAME MADAME LOUISE DE MUZY DE VERONIN PRIEURE DE CE CHAPITRE QUI EN A POSE LA PREMIERE PIERRE AU NOM DE SA MAJESTE L’AN M DCC LXVII”.
Le plan de l’église est composé de trois parties : la nef, le choeur et une rotonde surmontée d’une coupole. C’est dans cette rotonde que se trouvent les stalles en bois des chanoinesses, une chaire sculptée avec impériale et quatre statues en niches réalisées par le sculpteur Barthélémy Blaise (St Denis de Paris céphalophore, St Blaise de Sébaste, La Vierge à l’enfant, Saint Benoit de Murcie).
L’horloge canoniale de la façade est est l’oeuvre de Pierre Charmy, maître horloger natif de Lyon.
En 1790, le chapitre des chanoinesses est supprimé, et l’église désaffectée pendant plusieurs années. En 1803, les habitants de la commune se battent pour conserver leur église en tant qu’église paroissiale. Les bâtiments du Chapitre entourant l’église sont rachetés en 1807 par le cardinal Fesch pour en faire un petit séminaire. Les ruines et le clocher de l’ancienne église qui subsistaient sont démolis et la façade ouest reconstruite, en même temps que les nouveaux bâtiments du séminaire. Un accès direct au choeur depuis le bâtiment adjacent permet aux séminaristes de rejoindre l’église.
En 1863 la nef, devenue trop petite pour accueillir les paroissiens, est rallongée de 8 mètres vers l’ouest par l’architecte Antoine Drevet.
Un passage direct entre les deux bâtiments encadrants sera aménagé sous les vitraux de la façade est, se traduisant par la création d’une tribune dans le choeur de l’église. Ce passage existe toujours sous forme de couloir au premier étage de l’hôpital.
